Vienne ARN paquet: Structure secondaire d’ARN prédiction et comparaison


Original: http://www.itc.univie.ac.at/~ivo/RNA/

Nouvelles en bref
Vienne ARN version 2.0 a été libéré! Le contenu ci-dessous est toujours pour les versions 1.8.x de mais sera mise à jour prochainement.
Dans le même temps obtenir la dernière version de la page ViennaRNA de Ronny.

Nouvelles Older:

  • Pour ceux qui sont encore avec la version 1.8.x Workin de l’ARN Package Vienne, télécharger la distribution source 1.8.5 ici.
  • Certaines fonctionnalités récemment ajoutées:
  • RNAfold peut produire centre de gravité et les structures de la MEA en plus MFE.
  • Le programme RNAup pour calculer les interactions ARN-ARN est maintenant inclus.
  • Pliage des ARN circulaires est désormais pris en charge dans la plupart des programmes
  • soutien pour le calcul des structures hybrides utilisant RNAcofold, RNAup, RNAduplex, et RNAaliduplex.
  • retour en arrière stochastique pour produire de Boltzmann ensembles pondérés des structures sous-optimales (essayez RNAsubopt-p 10).
  • Versions locales des algorithmes de pliage pour balayer de grandes séquences (génomes): RNALfold et RNAplfold
  • RNAplfold peut maintenant être utilisé pour calculer accessibilités locale
  • Plusieurs nouveaux utilitaires par exemple pour la couleur annoté la structure des parcelles, des structures de concertation et d’harmonisation.
  • Le paquet de Vienne ARN distribue maintenant deux pièces connexes, mais distinctes de logiciels:
    • Le RNAforester, écrit par Matthias Hoechsmann <mhoechsm@techfak.uni-bielefeld.de>, calcule arbres des alignements de structures d’ARN
    • Le programme de kinfold explore la cinétique de repliement des molécules d’ARN par la simulation de pliage de trajectoires stochastiques.
  • Les utilisateurs de Windows, consultez notre page sur l’exécution du package Vienne ARN sous Windows, y compris un plusieurs binaires précompilés.

informations générales

L’ARN paquet Vienne se compose d’une bibliothèque de codes de C et plusieurs programmes autonomes pour la prédiction et la comparaison des structures secondaires d’ARN.

ARN prédiction de structure secondaire par minimisation de l’énergie est la fonction la plus utilisée dans le paquet. Nous offrons trois types d’algorithmes de programmation dynamique pour la prédiction de structure: l’algorithme de minimum d’énergie libre de (Zuker et Stiegler 1981) qui donne une seule structure optimale, l’algorithme de la fonction de partition de (McCaskill 1990) qui calcule les probabilités de paires de bases dans l’ensemble thermodynamique, et l’algorithme de sous-optimale de pliage (Wuchty et.al 1999) qui génère toutes les structures sous-optimales dans une gamme d’énergie donnée de l’énergie optimale. A titre de comparaison secondaire de la structure, le package contient plusieurs mesures de distance (différences) en utilisant soit l’alignement de chaîne ou de l’arbre d’édition (Shapiro & Zhang, 1990). Enfin, nous proposons un algorithme pour concevoir des séquences avec une structure prédéfinie (inverse de pliage).
documentation
Pour une information détaillée, jetez un oeil à la version HTML des pages de manuel pour les programmes et les manuels de la bibliothèque ci-dessous.

  • RNAfold – prédire l’énergie minimale des structures secondaires et les probabilités de pair
  • RNAeval – évaluer l’énergie de structures secondaires d’ARN
  • RNAheat – calculer la chaleur spécifique (courbe de fusion) d’une séquence d’ARN
  • RNAinverse – pli inverse (conception) des séquences avec une structure prédéfinie
  • RNAdistance – comparer les structures secondaires
  • Rnapdist – comparer les probabilités de paires de bases
  • RNAsubopt – pliage optimale complet
  • Dessins de structure d’ARN en PostScript, SVG, ou GML – RNAplot
  • RNAcofold – prévoir une structure hybride de deux séquences
  • RNAduplex – prévoir des sites d’hybridation entre deux séquences possibles
  • RNAup – prévoir des sites d’interaction ARN-ARN en utilisant accessibilités
  • RNAalifold – prévoir la structure de consensus de plusieurs séquences alignées
  • Version comparative (alignement multiple) de RNAduplex – RNAaliduplex
  • RNALfold – prédire la structure localement stable de longues séquences
  • RNAplfold – calculer les probabilités de paires moyennes pour les paires locales de base dans de longues séquences
  • RNApaln – alignement rapide de structure de séquences d’ARN en utilisant des alignements de chaîne
  • Plusieurs petits mais utiles Perl Utilitaires

Si vous voulez inclure notre code dans vos propres programmes, vous devriez lire la documentation de la bibliothèque RNAlib.
Lors de l’installation à partir des sources, voir les instructions d’installation.

Le paquet est un logiciel gratuit et peut être téléchargé en code source C qui devrait être facile à compiler sur presque tous les Unix et Linux. Voir le fichier README pour plus de détails.
Interfaces Web pour le pliage de l’ARN en ligne et la conception de la séquence
Pour ceux qui ne veulent pas installer des programmes ou besoin d’une interface ghraphical, la plupart de ces programmes sont maintenant accessibles à partir de notre nouveau ARN serveurs Web de Vienne new
Les services comprennent séquence unique de pliage, l’alignement pliage, pliage interactions ARN-ARN inverse, l’alignement structurel, la détection ARNnc, et plus encore. Notez que tous les serveurs donner des conseils comment faire la même chose en utilisant les outils en ligne de commande.

Pour voir ce que nous faisons avec notre logiciel, jetez un oeil à notre serveur de prépublication. Vous y trouverez également une version de prépublication de notre (Hofacker al 1994) article décrivant la première version du paquet.
Le serveur de pliage est décrite dans Nucleic Acids Res. 31: 3429-3431 (2003)

La version 2.0 des services publics ALIDOT. Un add-on pour détecter conservés motifs de structure secondaire.
Les anciennes versions du paquet Vienne ARN peuvent être téléchargés à partir de notre page d’histoire.
Un logiciel de pliage à partir de l’ARN ailleurs
Ole Matzura de a écrit un programme pour Windows 32 bits basé sur les routines de pliage de l’ARN dans le package de Vienne avec une belle interface graphique utilisateur, voir la page d’accueil Rnadraw.
Un grand nombre d’informations sur l’ARN pliage peut être trouvé sur la page d’ARN de Michael Zuker, où vous pouvez également télécharger son programme de mfold.
Le programme RNAstructure est re-mise en œuvre de mfold pour fenêtres, y compris une interface graphique, il est disponible sur le site Web du groupe Turner
Le programme ESSA propose plusieurs méthodes pour l’élaboration et l’analyse des structures secondaires d’ARN.
Un bon point de départ pour obtenir des informations sur les structures d’ARN est le monde de l’ARN à Iéna.

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