Logiciels


Original: http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software.html
L’analyse phylogénétique par maximum de vraisemblance (PAML)
Yang, Z. 1997 PAML: un ensemble de programmes pour l’analyse phylogénétique par maximum de vraisemblance. Comput. Appl. Biosci. 13, 555-556.
Yang, Z. 2007 PAML 4: Analyse phylogénétique par maximum de vraisemblance. Mol. Biol. Evol. 24, 1586-1591.
 
Analyse de coalescence sur un arbre de l’espèce (BP & P et 3s)
 
Le programme RP & P (bpp2.2.tgz) met en oeuvre les méthodes bayésiennes de Yang (2002), Rannala & Yang (2003), Burgess & Yang (2008), et Yang & Rannala (2010), pour estimer la taille des populations (thêta) les temps de divergence des espèces, et pour (tau de) délimitant espèces en utilisant les données de séquence multi-locus de plusieurs espèces étroitement apparentées. Une version Mac OSX est ici (bpp2.2-mac-x86_64.tar.gz) pour 64 bits des puces d’Intel.

Bo Xu a écrit une interface utilisateur graphique pour BPP, appelé bppX. Les exécutables compilés sont ici pour Windows, Mac OSX, et Linux. Vous installez (décompresser et compiler) la version actuelle de bpp premier. Puis décompressez l’interface graphique bppX. Ensuite, allez à la fonction-configuration pour spécifier le nom de dossier pour les fichiers bpp. Questions et discussions sur bp et p doivent aller à ce lien.

Le code source bppX-1.1-src.tgz
Fenêtres           bppX-1.1-win32.tgz           bppX-1.1-bpp2.2-win32.tgz
Mac OSX            bppX-1.1-osx-x86_64.dmg         bppX-1.1-bpp2.2-osx-x86_64.dmg
Linux                 bppX-1.1-x11-x86_64.tgz

Les 3s programme (3s.v2.1.tgz) met en œuvre les tests du rapport de vraisemblance de Yang (2002, 2010) et Zhu et Yang (2012).

BP & P remplace l’ancien programme MCMCcoal, qui met en œuvre la méthode bayésienne de Rannala & Yang (2003) et Burgess & Yang (2008). 3s remplace le programme Ne3sML (qui a été inclus dans le package MCMCcoal), qui met en œuvre la méthode de vraisemblance de Yang (2002).

Yang, Z. 2002 Probabilité et Bayes estimation de la taille des populations ancestrales Hominoids utilisant des données provenant de multiples loci. Génétique 162, 1811-1823.

Rannala, B. & Yang, Z. 2003 Bayes estimation des temps de divergence des espèces et la taille des populations ancestrales utilisant des séquences d’ADN provenant de loci multiples. Génétique 164, 1645-1656.

Burgess, R. et Z. Yang 2008. Estimation des hominoïdes ancestraux taille de la population au moyen de modèles de coalescence bayésiens intégrant la variation du taux de mutation et des erreurs de séquençage. Mol. Biol. Evol. 25, 1979-1994.

Yang, Z. 2010. Un test du rapport de vraisemblance de spéciation au flux de gènes en utilisant des données de séquences génomiques. Génome. Biol. Evol. 2:200-211.

Yang, Z., et B. Rannala. 2010 espèces bayésiens. Délimitation à l’aide des données de séquences multilocus. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107:9264-9269.

Zhu, T., et Z. Yang. 2012. Mise en œuvre du maximum de vraisemblance d’un modèle d’isolement-de-migration avec trois espèces pour tester la spéciation au flux de gènes. Mol. Bio.l Evol. 29, 3131-3142.
 
Mrbayes 3.2.1 avec a priori de Dirichlet sur ​​les longueurs de branche
 
Le nom de l’archive est mb3.2.1.Dir.tgz. Il s’agit d’une version modifiée de la version 3.2.1 MrBayes, modifié pour utiliser les prieurs Gamma-Dirichlet et inverse Gamma-Dirichlet pour des longueurs de branche (Rannala et al, sous presse;.. Zhang et al 2012). Cela inclut également les deux prieurs exponentielles sur la longueur des branches internes et externes décrits par Yang et Rannala (2005) et Yang (2007). Il ya une brève description des modifications dans le fichier mb3.2.Dirichlet.Notes.pdf dans l’archive. Si vous utilisez le programme modifié, s’il vous plaît citer MrBayes ainsi que les documents qui décrivent les modifications.

Yang, Z 2007 Juste équilibre paradoxe, le paradoxe étoile arbre phylogénétique et bayésiens. Mol. Biol. Evol. 24, 1639-1655.
Yang, Z & Rannala, B. 2005 Direction de longueur influences antérieures bayésienne probabilité a posteriori de la phylogénie. Syst. Biol. 54, 455-470.
Rannala, B., T. Zhu, et Z. Yang. 2012. Tail paradoxe, identifiable partielle et a priori influentes dans bayésien la longueur des branches inférence. Mol. Biol. Evol. 29:325-335.
Zhang, C, B. Rannala, et Z. Yang. 2012. Robustesse des prieurs de Dirichlet composites pour l’inférence bayésienne des longueurs de branches. Syst. Biol. 61:779-784.
 
oncoSpectrum v1.2: programme ML pour estimer les taux de mutation en utilisant les bases de données de mutation de cancer.
 

Yang Z, Ro S, Rannala B. modèles 2003. D’probabilité de mutation somatique et la substitution de codons dans les gènes du cancer. Génétique 165:695-705.

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